من أحد فوائد الثوم للجسم كونه مساعدا لعمل الجهاز الهضمي فيعمل على التخلص من السموم بالجسم ويحفز إفراز العصارات الهضمية وقد أكدت الدراسات على أن تناول فصوص الثوم في كوب من الماء أو الحليب قد ساعد على علاج التهابات المعدة والأمعاء , بالإضافة إلى أنه طارد جيد للديدان المعوية وله تأثير مهدئ للإسهال ويمكن أن يعالج مشاكل التهابات القولون وعند تناول إلى ما يصل إلى 6 أقراص يوميا من الثوم يؤدي ذلك إلى أن يكون هذا كافيا من أجل القضاء التام على البكتريا الضارة بالأمعاء دون التأثير على غيرها من الكائنات النافعة.